1.细菌对糖的分解
细菌一般不能直接利用多糖，必须经胞外酶分解成单糖后才能利用。细菌分解葡萄糖可经多途径产生丙酮酸。丙酮酸再进一步分解时需氧菌和厌氧菌则有所不同，需氧菌将丙酮酸通过三羟酸循环分解为CO2和H2O，并产生ATP及其他代谢产物；厌氧菌则发酵丙酮酸产生各种酸、醛、醇、酮等多种产物。
2.细菌对蛋白质的分解
细菌不能直接利用大分子蛋白质，必须由细菌分泌胞外酶，将蛋白质分解为短肽或氨基酸后，才能透过细菌细胞壁和细胞膜，后经胞内酶分解氨基酸，通过脱氨作用生成氨和各种酸类，或通过脱羧作用生成胺类和CO2.
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