对于像黑色、棕色小鼠以及裸鼠，我们不能单纯用常规方法编号，因此对于这类动物，可以采用一些特殊的编号方法。
一、采取耳朵打孔编号
1号双耳无孔；
2号左耳打孔；
3号右耳打孔；
4号双耳打孔；
5号左耳双孔。
二、耳缺法
左前缺-1号；
左后缺-2号；
右前缺-3号；
右后缺-4号；
1+2——5号；
3+4——6号；
1+3——7号；
2+4——8号。
耳缺法隔着笼子也好观察。裸鼠耳朵很薄，折叠起来很易剪，几乎没什么出血，对其损伤最小。耳朵打孔可能不是太直观，也不方便记忆。
三、剪脚趾法编号
可编号1～99号，直观且方便记忆具体方法如下：
1. 抓取动物固定于左手，使其腹面向上；
2. 两前肢八个趾从左到右分别代表20、30、40、50、60、70、80、90；
3. 两后肢十个趾从左到右分别代表1～10；
4. 将前后肢剪掉的脚趾编号相加即为该小鼠的编号。
四、常规计数方法不变，改使用染料为剪毛
另附图示如下：
1、小鼠整体编号（1～100）标记：
2、小鼠耳朵编号（1～100）标记：
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