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cDNA文库组标准流程二:mRNA的分离

2019.8.10
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zhaochenxu

致力于为分析测试行业奉献终身

1.Oligotex mRNA Kits  (QIAGEN)法

 准备工作:

1.将Oligotex Suspension 置于37℃水浴中,旋转混匀,溶解Oligotex.,然后置于室温。

2.将OBB Buffer置于37℃水浴中,旋转混匀,重溶沉淀物,然后置于室温。

3.将OEB Buffer 置于70℃水浴中,待用。

 

试验步骤:

 

表3:加入试剂量据此表

Total RNA

RNase-free Water to:

Buffer OBB

(ul)

Oligotex

Suspension  (ul)

Prep size

<=0.25mg

250ul

250ul

15

Mini

0.25-0.5mg

500ul

500ul

30

Midi

0.5-0.75mg

500ul

500ul

45

Midi

0.75-1.00mg

500ul

500ul

55

Midi

 

1.      Total RNA 量不要多于1mg,用移液器取出所需RNA量到1.5ml离心管中,加RNase-free water 补足到500ul

2.      根据表3加入适当体积的OBB Buffer和Oligotex Suspension, 轻弹1.5ml离心管彻底混匀

3.      置于70℃水浴中3min

4.      取出置于室温(20℃-30℃)10min

5.      13000rpm室温离心 2min,用移液器吸出上清到一个新的1.5ml离心管中,保留上清直到polyA被结合上。

6.      用移液器取400ul OW2 Buffer混匀沉淀物,将混合物转移到 Spin Column中,RT ,13000rpm,离心1min

7.      将Spin Column 转移到一个新的1.5ml离心管中,加400ul OW2,RT,  13000rpm,离心1min

8.      将Spin Column 转移到一个新的1.5ml管中,取出25ulOER Buffer(70℃)到Column中,用移液器吹打3-4次树脂,室温 13000rpm,离心1min。

9.      取出25ul OER Buffer(70℃)到Column中,用移液器吹打3-4次树脂,室温 13000rpm,离心1min。

10.  测OD,并电泳定量。

2.磁珠法分离mRNA

1. 在RNase-free的Eppendorf 管中加入0.1~1.0mg的总RNA和RNase-free水至终体积为500ul.

2.  65ºC加热10分钟。

3. 加入3ul生物素标记的Oligo(dT)和13ul 20×SSC于RNA中,轻轻混合,室温放置逐渐冷去至室温,一般需10 分钟左右。

4. 同时配0.5×SSC 1.2ml和0.1×SSC 1.4ml.

5. 将磁珠(SA-PMPs)轻晃散开,放入磁性分离架上,使SA-PMPs集中于管的一侧(约30sec),小心去上清,切不可离心。用0.3ml 0.5×ssc漂洗SA-PMPs,用磁性分离架集中磁珠,去除上清,重复3次。

6. 将漂洗后的SA-PMPs重新悬浮于0.1ml 0.5Xssc,注意漂洗后的SA-PMPs应在30分钟内使用。

7. 将(3)中的oligo(dT)/mRNA退火反应物全部加入含漂洗好的SA—PMPs管中,轻轻摇匀,室温下放10 分钟。

8. 用磁性分离架捕获SA-PMPs,小心去上清,但不要弃去。

9.    用0.1×SSC,每次0.3ml洗3次,每次都晃至SA-PMPs悬浮,最后一次漂洗后尽可能多的吸取水相,而不损坏SA-PMPs.

10.将SA-PMPs重新悬浮在0.1ml RNase-free水中,反复颠倒,使SA-PMPs散开,洗脱mRNA。

11.用磁性分离架捕获SA-PMPs,将洗脱的mRNA吸入另一个新的Eppendorf管中。

12.将SA-PMPs再悬浮于0.15ml RNase-free的水中,洗脱,与(11)步洗脱液合并。

13.将得到的mRNA溶液取几微升跑电泳,若mRNA浓度不足以进行下一步的反转录,则需将得到的mRNA溶液浓缩(浓缩步骤见14-18)。

14.加0.1体积的3mol/l NaAc和1.0体积的异丙醇于洗脱液中,-20ºC沉淀过夜。

15.4ºC,13000g离心60 分钟。去上清,加入500ul 70%乙醇混匀。

16.4ºC,7500g离心10 分钟。

17.去上清,真空或空气中自然风干,但不要太干,加适量RNase-free水溶解。

18.重复步骤5-12,将步骤8保留下的样品重新上柱

注意事项:

1.所有操作均需要严格戴手套,戴口罩进行

2.如果total RNA质量高,杂质少,就选择Oligotex的方法分离mRNA,相反则可以用磁珠法。

3.mRNA的电泳图是smear。


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