1．核酸杂交
是最常用，最可靠的方法之一，可大规模地分析文库的克隆子。
1．同源探针：至少含有所需cDNA克隆的一部分确切序列，常用于以一个部分克隆分离cDNA文库中的全长克隆。
2．部分同源探针：探针的序列与所要筛选的cDNA克隆的序列相关但不相同，常用于克隆家族基因。
3．总cDNA探针：
通过反转录酶均匀掺入放射性核苷酸或通过总的或分级分离得到的poly（A）+mRNA进行末端标记而获得cDNA探针。
cDNA扣除探针：
从第一种mRNA制备cDNA探针，连续多次与20倍过量的第二种mRNA杂交；
回收未杂交的cDNA探针，再与100倍过量的第一种mRNA杂交，使得原mRNA中的一些特异序列得到高度富集。
* 主要用于探测cDNA文库中与调节水平有所差别的mRNA克隆。
合成寡核苷酸探针
2．特异性免疫学检测
在cDNA表达文库中，目的基因的表达产物能与特异性抗体发生免疫学反应，通过酶学的方法加以检测。
3．cDNA克隆的同胞检测
将cDNA文库分成若干组含有10-100个克隆子的易于处理的亚cDNA文库，对每组亚cDNA文库进行检测，当鉴定出阳性库后再不断将其分成更细的库进行检测，直到获得阳性单克隆。
4．cDNA克隆的确证
cDNA克隆含有编码某一特定蛋白质的完整氨基酸序列的开放读框。
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