菌种的外观鉴定，是针对食用菌菌种生产环节本身的质量管理而言的。生产环节本身的质量管理良好，则菌种生长良好，反之则菌种质量较差。菌种外观直接鉴定的方法不能全面地判断菌种的生产性能。为了全面鉴定食用菌不同品种在不同条件下的产量、品质、抗性及适宜范围，从而客观的评价品种的利用价值，往往要进行品种试验。
1．品种（系）比较试验食用菌品种（系）比较试验方法有很多，可以参考如下几种。
(1)显微镜观测法菌丝体进行显微观察内容有菌丝的形态结构、锁状联合现象，孢子的形状、大小、表面特征等，并且确定菌丝粗细分枝、隔膜、锁状联合等特性是否均一，是否与该栽培品种的典型特征一致。正常的菌丝一般具有透明、分枝状、有横隔和明显的锁状联合。异宗结合的食用菌，如仅有单核菌丝，不具结实性，不宜作菌种用。双核菌丝中，锁状联合多而密，则结菇力强，一般可认为是好菌种。具有不同形态特征的菌丝体存在于同一菌种中，表明该菌种存在质量问题。
显微镜观察方法是在载玻片上滴一滴蒸馏水，然后挑取少许菌丝置水滴上，让菌丝体充分展开，盖好盖玻片，再置显微镜下观察。也可通过菌丝体染色后镜检观察。对于经验丰富的实验人员，通过显微镜观察，还能够判断菌种是否污染杂菌，并对污染杂菌进行分类。
(2)菌丝吃料能力 将菌种接入培养料上，置25℃条件下培养，5d后观察菌丝生长情况。如果菌种块能很快萌发，并迅速向培养料中生长伸展，则说明该品种的吃料能力强，分解培养料的能力较强，可用于扩大繁殖；如果菌种萌发后生长缓慢，迟迟不向四周和料层深处伸展，则表明该品种对培养料的适应能力差，分解培养料的能力也较弱，是劣质菌种，应慎重使用。
(3)菌丝生长速度取少量菌种接于适宜的培养基上，在适宜温度下培养。通常采用平板培养法，方法是将所测定的菌种，转接至马铃薯蔗糖琼脂培养皿中央，待菌丝向平皿辐射蔓延生长时，用直径0. 5cm的打孔器，灭菌后打取边缘菌丝，连同培养基重新接入新的马铃薯蔗糖琼脂培养皿中央进行培养，每隔24h，测定菌落直径，直至菌落覆盖全皿为止，从而测出菌丝平均生长速度。若菌丝生长快，且整齐、浓密、健壮的则是优良菌种；若菌丝生长慢或特别快，且不整齐、凌乱的则不是优良菌种。
(4)菌丝生长量测定将等面积的菌苔接入无菌的液体培养基内，在相同的条件下，进行摇床振动培养后，过滤收集菌丝，反复冲洗干净后置容器内，80～100℃烘箱中烘干至恒重后称重。凡菌丝增殖快、重量重的为优质菌株，而增殖慢、重量轻的为不良菌株。
(5)菌丝长势测定 菌丝长势包括菌丝生长的状态和速度。凡是菌丝生长迅速、整齐浓密，健壮有力的菌种为优良菌种；如果菌丝生长缓慢或长速特快、稀疏、参差不齐、易于衰老，则表明是劣质菌种。判断食用菌的菌种长势，应采用相同的培养基，结果才能可靠一些。在外界环境相同的情况下，菌丝生长旺盛、生长量多，生长速度快的要好于菌丝生长弱、生长量少、生长速度慢的菌种。
(6)极限培养试验对于分离、选育和引进的菌种，可以通过极限培养试验，观察菌丝体对干、湿度和温度等方面的适应能力。如将菌种移接到不同含水量（偏干、偏湿、干湿适宜）的培养料中，观察菌丝吃料及生长情况。一般食用菌培养料含水量为60%～65%，若它在较低及较高含水量的培养料中仍能正常生长，则说明其对于、湿度的适应性较强，是较好的菌种，可以用作扩大繁殖。
(7)菌丝的高温锻炼试验将菌种在20～25℃下培养7d后，置于35℃下进行24h高温锻炼，再回到适宜的温度下培养。经过高温的处理，如果菌丝恢复萌发快、不发黄、不倒伏，而且仍然旺盛生长，则表明该菌种具有耐高温的优良特性，可用来扩大培养。
(8)均一性试验将菌种在标准条件下培养，每批做30～50个重复，每天观察菌丝的生长速度和生长外观。经过连续一段时间观察后，比较菌种的优劣。一般认为，均一性好的菌种几乎肉眼很难区别其差异。如果差异较大，说明外观均一性不好，菌种可能遗传均一性不好，不是优良菌种。
(9)液体培养试验配制2%的糖水溶液装入500mL的三角瓶中，每瓶装100mL，灭菌后，接入黄豆大小的一块菌种，25～28℃下培养7d。如果菌种块四周菌丝生长迅速、浓密洁白、呈棉絮状，则表明菌种的生活力旺盛；反之，如果菌种下沉、菌丝生长缓慢、菌丝膜很薄，则说明菌种生活力弱；如果液面有气泡，产生“油质”、“油皮”、“混浊”现象，则说明菌种本身已经被杂菌污染。
(10)菌丝颉颃试验 同一种食用菌经分离或杂交，将选育出许多不同的菌株，这些菌株的菌丝在形态上很难区别。在当前菌种管理工作尚不十分健全的情况下，“同名异种”、“同种异名”的现象普遍发生，为区分菌株间的差异，可以采用颉颃试验，颉颃试验也称对峙反应。
颉颃试验可以采用平板进行，也可采用斜面进行。采用平板进行颉颃试验的具体方法，是将供试的菌株接种在平皿培养基上，在25℃条件下培养，观察菌株的菌丝相互接触后的表现。如果不同菌株的菌丝在平皿上相互接种后，产生明显的颉颃线，表明菌株为不同的菌株。采用斜面进行颉颃试验的具体方法，是取1支20mm×200mm的无底试管，中央部位装入长5～7cm的木屑麸皮培养基或其他适宜的培养料，两端压平并盖棉塞，灭菌后，两端各接入两株供试的菌种1小块，在25℃条件下培养，当两端菌丝往中央生长并相互接触后，
把斜面移至20℃，约3001x的散射光下继续培养，观察菌丝接触区有无对峙反应。若无明显的颉颃线，表示两个供试菌株的基因极相似或相同，是相同的菌株；如果供试菌株间形成明显的颉颃线，则表示是不同的菌株。
(11)抗霉性测定首先制备平板，在平板的一边接种食用菌菌种后，置于25℃条件下培养。当食用菌菌丝长到平板一半时，再在平板的另一边接上木霉，继续培养。观察木霉菌丝和食用菌菌丝交界处，如果出现颉颃线，说明菌种抗霉菌活性较强。如果木霉菌丝很快盖过了食用菌菌丝，说明此菌种抗霉能力较弱。
(12)其他生理及遗传特征分析利用生物化学的方法鉴定菌种的生理特征，从而判断菌种的某种优良性状。如测定菌种的纤维素酶、多酚氧化酶、漆酶、蛋白酶等酶活力，来比较菌种间对不同材料的分解能力；测定不同菌种菌丝的呼吸强度来判断菌株是否高产等；也可以对菌种进行遗传分析，比如进行酯酶同工酶及RAPD检测等，分析该菌种的遗传物质是否保持原有菌种的特征带，如果遗传分析发现主要标记酶带或扩增带有变异说明该菌株可能出错或已发生变异，是劣质菌种。
2．品种栽培试验品种栽培试验就是将自行分离或外地引入的品种与当地推广和栽培的同类型品种，按生物统计原理进行设计栽培，从而鉴定其品种优劣的一种方法。出菇试验是进行食用菌良种性状鉴定的重要措施。菌丝生长得再好，但生产上出菇量少、经济性状不好、生物转化率低或产值低于当地使用推广的良种都不算是良种。出菇试验常使用瓶栽、袋栽、压块等方法进行小规模的栽培试验。通过观察菌丝生长速度、菌丝吃料能力、出菇（耳）的快慢、子实体形态、产量的高低、对环境适应能力、抗病虫害能力的强弱来综合评价菌种质量的优劣。
出菇试验在设计栽培和管理上，应根据品种生物学特性及当地气候特点，将影响生长和产量的各种因子全面考虑，试验栽培每次应达到一定数量，其床栽面积在0.11m2以上，袋栽数量在10袋以上，块栽数量在5块以上，段木在50kg以上，并且要有三次以上重复。在管理过程中对环境因子的变化、管理措施及生长历程、品种本身性状等要详细全面记录。栽培过程中，要详细记录发菌情况（菌丝恢复、定植天数）、菌丝生长情况、出菇期（每潮菇的起止时间、持续天数）、产量（总产、单产）、子实体形态（菇形、色泽、菇盖直径和厚度、菌柄长度和直径、单菇重量等）以及对环境条件的反应、出菇特性等内容。最后要做好数据整理工作，对比其各项结果，确定品种的优劣。只有通过出菇试验，确认是优良的菌株后，方可推广应用进行生产。现对品种栽培试验中的几个主要指标介绍如下。
(1)吃料能力将待测菌种接入适宜的培养料中，置于适宜条件下培养一段时间后，观察种菇（耳）菌丝的吃料能力。如果菌种很快萌发，并迅速向四周和培养料中生长伸展，则说明该品种的吃料能力强，菌丝生长快；反之，菌种萌发后生长缓慢，迟迟不向四周的料层深处伸展，则表明该品种对培养料的适应能力差，菌丝吃料能力较弱。对菌种吃料能力的测定，不仅用于对菌种本身的考核，同时还可以作为筛选最佳培养料的一种手段。
(2)成活率栽培试验中的成活率测定方法，是将菌种接在适宜的培养基上，若菌丝能很快恢复、定植和蔓延生长，成活率很高，是良好的菌种；反之，如果接种后菌丝恢复慢，成活率很低，则菌种的质量较差。
(3)出菇快慢一般来说，高温型的品种出菇快，低温型的品种出菇慢，中温型品种介于两者之间。而以菇的质量来说，高温型品种的质量差，低温型的品种质量好。但是，对于同一温型食用菌品种的不同菌株来讲，如果接种后菌丝分解培养料能力强，培养前后培养料失重大，则出菇快而多，总产高，即是好菌种，否则为劣质菌种。
(4)菇峰间隔 在一个生产周期中，子实体发生可分数潮次，产菇最多时称菇峰，最低时称菇谷，每个菇峰和菇谷构成一个菇潮。凡菇潮多，间隔时间短，说明菌丝分解能力强，供子实体发生的养分积累多，因此转潮快，是好的菌种；反之，菇潮间隔时间长或不明显，零星出菇，产量低，即为劣质菌种。
(5)子实体形态子实体形态包括菇形、色泽、菇盖直径和厚度、菌柄长度和直径、单菇重量等。一般来讲，子实体形态均一、菇形周正、具有菌种特有的色泽以及香味者为较好的菌种。
(6)干燥率鲜菇经干制后干燥率高，说明转化率高，子实体含水分低，为优质菌种。
(7)生物学效率 生物学效率是指每100kg干料可产多少千克鲜菇。生物学效率高，说明菌种对原料的利用率较高，转化率较高，菌种质量好，反之则为劣质菌种。
菌种质量鉴定是非常繁杂而细致的工作，除了以上的方法外，对于筛选的优良菌种往往还要评估其经济指标。高产不一定高效、丰产不等于丰收。要占领市场，获得较高利润，还必须具备商品的要求，如产品的色、香、味、形，档次，上市时间，货架期和保质期等。凡是鲜菇上市时间早，产量高、品质好、档次高、含水量低，不易变色、变质、破碎、失重，无农药残留、无残臭，符合食品卫生标准和得到的利润高等，均表示经济指标高，则为优质菌株；反之，上市有效时间短，易变色、变味、变质，含水量高，失水严重，易破碎，利润低的菌种均为劣质菌种。
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