真菌门最高等的一亚门。有性生殖产生担子和担孢子是本亚门的主要特征。约2万多种，包括许多供食用和药用的种类和诱发植物病害的有害种类，以及多种有毒种类。菌丝很发达，有横隔。可分为初生菌丝和次生菌丝。初生菌丝由担孢子萌发形成，经短期的多核阶段即产生分隔，形成单核、多细胞的菌丝体。次生菌丝是初生菌丝经“ ”“-”性结合产生的双核菌丝，每1细胞中含有2个不同性质的核。多数担子菌的双核菌丝通过形成锁状联合产生新的双核细胞，使次生菌丝生长中的每个细胞都含有两个异质的核。大多数担子菌的无性生殖不发达或不发生。其无性孢子因种而异，有的经菌丝体断裂形成粉孢子，有的形成分生孢子或夏孢子（如锈菌目），有的进行芽殖（如黑粉菌目有的种）。有性生殖经双核菌丝进一步发育为担子，双核在担子内经核配和减数分裂形成担孢子。担孢子通常4个，着生在孢子梗上，为单倍体。担子有棒状、管状、球形，担子菌担孢子形成过程示意图分隔或不分隔，散生或聚集在担子果（子实体）上。担子果由双核菌丝组成，也有多种类型。担子及担子果的特征均为分类的依据。根据担子果的有无及类型，将担子菌亚门分为冬孢菌纲、层菌纲及腹菌纲。冬孢菌纲不产生担子果，包括锈菌目和黑粉菌目，均为侵染高等植物引起病害的寄生菌。层菌纲形成裸露的担子果，根据其担子是否分隔，又分为有隔担子菌亚纲，主要有银耳目、木耳目；无隔担子菌亚纲，主要有多孔菌目、伞菌目。腹菌纲形成封闭的担子果，称为被担子果，为较高级的担子菌，如鬼笔目、马勃目等。
锈菌目 （Uredinales） 均为侵染高等植物和蕨类植物的专性寄生菌，对农、林业危害极大。菌丝生长在寄主细胞内吸取营养，在茎叶表面形成各形孢子。其完全生活循环极复杂，可产生5种孢子：性孢子、锈孢子、夏孢子、冬孢子及担孢子。性孢子着生在性孢子器上，代表配子阶段；锈孢子着生在锈孢子器上，为质配或二倍体阶段，孢子一般黄色或锈褐色；夏孢子着生在夏孢子器上，代表反复循环的无性生殖阶段；冬孢子器内着生冬孢子，为生活循环的末期，在此阶段发生配子结合及减数分裂；冬孢子于次春长出担子和担孢子。锈菌与寄主有严格的寄主-寄生体关系，某种锈菌仅寄生于某类寄主。已知约5000种，引起植物的各种锈病。
黑粉菌目 （Ustilginales） 亦为专性寄生，侵染多种单子叶、双子叶植物，尤以寄生禾本科最多。病菌侵染寄主组织可形成肿大、瘿瘤或斑点等症状。形成大量具有厚壁的厚垣孢子，呈黑粉状。厚垣孢子为冬孢子，次春萌发产生分隔担子，其上顶生或侧生担孢子。引起多种黑粉病，如小麦腥黑粉病、玉米黑粉病，危害严重。
银耳属 （Tremella） 属于银耳目。担子果胶质，无柄，分瓣，卷曲成花朵状，纯白或微黄，半透明。担子有隔，深埋于担子果表层的子实层内。大多腐生，分布普遍。银耳（T.fuciformis）为滋补食品，已普遍人工培养。
木耳属 （Auricularia） 属于银耳目。担子果胶质或仅表面胶质、耳状、盘状或杯状，常呈红褐色，担子3隔，埋在子实体上表层内。干后皱缩，黑褐色，如食用木耳（A.auricula）。
多孔菌目 （Polyporales） 即非褶菌目（Aphyllophorales）。担子果木质、革质或肉质、盘状、马蹄状或贝壳状等；无柄或有柄，柄侧生或中央生长。担子无隔。大多腐生在土壤、木材或枯枝落叶层中。少数寄生，包括某些滋补、药用种类或木材腐生菌。如猴头菌属（Hericium），担子果块状或分枝，肉质，产生朝下生长的刺，此属的猴头菌是珍贵的食用菌。灵芝属（Ganoderma），担子果木质，有柄，侧生或近中央，菌盖半圆或壳状，表面有皮壳，紫色、红色、红褐色。着生阔叶树上，常为多年生，供药用，已普遍人工栽培。多孔菌目的药用和食用菌还有猪苓、雷丸和茯苓等；另有多种木材腐朽菌，如层孔菌诱发许多阔叶树和果树的白色腐心病。
伞菌目 （Agaricales） 又称蕈，即蘑菇。包括许多食用、药用菌和毒菌，以及使木材腐朽的大型担子菌。担子果伞状，大多肉质或近肉质，有各种颜色；菌柄生于中央或侧生。担子无隔，生于菌伞下面的菌摺或菌管中。担孢子着生在小梗上，2～4枚。成熟的担孢子被小梗强有力地弹出，因此在成熟的蘑菇周围常形成环形的蘑菇圈。伞菌属（Agaricus），又称蘑菇属。多生于草地或林区腐败落叶层下的土壤中，包括多种食用菌，少数有毒。裁培种双孢菇为优质食用菌。牛肝菌属（Boletus），菌盖厚、肉质；菌柄粗实，外观常有细网纹。菌盖下面形成菌管，有小孔开口向下，管内着生担子及担孢子。美味牛肝菌可食用或药用。香菇属（Lentinus），菌盖半球形，后渐平展，肉质到革质；菌柄偏生到中生。本属的香菇、口蘑、鸡菌均为营养丰富的美味菜肴。小包菇属（或称包脚菇属）的草菇，幼嫩担子果由膜质的菌托与菌盖相联，呈蛋壳形，老熟后菌盖开展，菌柄基部残留膜质的菌托。野生于腐烂草堆中，我国南方普遍栽培，味鲜美。
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