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A：请教蛋白自带好多小分子，对接的时候怎么处理呢?
答：对接时并不需要这些小分子，其用途只有一个——帮助定位口袋。因此，保存你需要的小分子，其他清除掉。但有一种情况例外，辅酶分子或类似作用的分子应当保留在受体中，因为它将作为受体的一部分与配体产生相互作用。
A：有的还带有金属离子~ 是不是也应该保留。
答：看情况，跟配体有重要作用的保留，水分子也是。
B：请问已经筛选好小分子，想把这个小分子接到载体上，中间连一个间隔臂，这个间隔臂需要和小分子一起连上再一次与蛋白质做对接吗?
答：先问你，做对接的目的是什么?载体是这个蛋白吗?Carrier-Linker-Ligand-Protein?
B：分子和蛋白对接，目的是定向固定化，分子得负载上载体，做定向吸附。载体不是蛋白，只是个树脂之类，类似树脂吸附酶。
答：对接只是帮助你研究小分子与蛋白的相互作用，或者筛选小分子。既然已经筛选好了，那就做实验得了。要研究小分子-蛋白的相互作用，就直接对接小分子与蛋白，间隔臂并不参与作用。
B：如果间隔臂链接小分子(即间隔臂分子和小分子合成在一起)对蛋白有作用呢?
答：那就要接上，一起对接，你可以两种情况都做，看看有什么区别。
2
A：如果一个蛋白靶点 只有抗体，筛选小分子的时候，小分子是往口袋去跑，而不是蛋白与抗体作用的β折叠。这时候筛选的标准怎么搞?
答：蛋白与抗体作用的β折叠，是指抗体上某个区域是个beta折叠，它跟蛋白有作用，你要筛选的分子不能作用在这里是吗?
A：对的，因为这种“光滑”的区域 小分子基本不结合，小分子喜欢去有“沟洞“的地方。
答：那就要看这个区域跟口袋什么关系了，这个嘛，当然，你定义口袋在哪就对接在哪咯。
A：现在筛选小分子的时候，不知道怎么设定标准了。
答：那就跟折叠区没有关系。
A：这个口袋不能确定的吧?
答：那你要先确定啊。
A：没有阳性化合物，怎么确定呢?
答：没有什么实验现象实验信息可以给你提示吗?如果什么都没有，就只能软件预测了，《如何确定对接口袋》。
A：研究只有抗体。我们本来想法是抗体作用位点。
答：假如就是在那个位置，那就跟折叠区没有关系了，对接时不用什么考虑折叠区的标准。
A：小分子在那个位置基本没几个有相互作用。
答：没有氢键是吗?
A：有的。
答：那可以嘛。
A：那个位置在膜内，跨膜蛋白。
答：那你不应该对接这个位置啊，你得想尽一切办法先确定口袋，所有可能的口袋都试试，然后做实验验证。
答：用什么软件，vina吗?
A：对，也用MOE了，主要还是用 MOE。
答：用dock6啊。
moe用来初筛就好。
你不会只算了这个分子吧?
A：几千个。
答：那就用dock6再筛。
A：主要是筛选的标准。
答：筛选标准很难说，初筛看打分就够了。挑选1000个去算dock6，再挑100-200个人工分析。
A：那像这种口袋不确定的，只看打分嘛?
答：这跟口袋没有关系啊。
A：好。
答：口袋你要尽可能的确定，不确定的就都做。
A：那我就去预测下。
答：对于每个口袋，就这么对接、筛选。
A：那跨膜蛋白，膜外是不是好点。
答：一般是作用在膜外，如果你觉得膜内、跨膜也有可能，就都做，优先测膜外的。
3
A：想请问下，用autodock对接，有硒代半胱氨酸怎么处理，显示无法加电荷和识别。
B：共价对接还是非共价对接?
A：非共价对接。
B：粗糙一点，用标准的CYS进行对接，然后取合适的pose，将CSY改成硒代的非标准氨基酸，用力场进行优化。应该不会有很大的不同。
A：我现在是尝试着对接，确实之后还涉及到评价对接效果，我做得转氨酶。
B：这个也不影响你评价结果。
C：在autodock, set map types 时，配体和受体不在一起，请问大家是怎么调整的?
B：有个东西叫box，以及center与space来计算。
C：grid box是吗?
B：对，他决定了在哪里搞grid。跟你的配体在没在box里没关系。
C：他们的相对位置不用考虑是吗?
D：相对位置不用管，在对接的时候会将配体分子放置到盒子中去做构象采集。
4
A：请教各位大神，如果已知小分子有活性，但是受体上有很多已知的和潜在的未知作用位点，应该怎么预测分子是结合在哪个位点呢?
B：怎么知道有活性的。
A：蛋白实验测出来的。
B：结合力吗?
A：IC50。
C：直接做对接。
A：做了对接尝试过，我觉得很难比较结果，几个位点的打分相差不大。
D：多用几个软件，商业的，开源的，有很多的。能用的都用上。再多挑几个晶体试试。
E：养共晶，或者定点突变。
A：实验成本太大，所以想先通过模拟预测一个可靠的结果再用实验验证。
E：定点突变也可以在模拟上做。
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