涂布未转化的感受态细胞： 如有菌落，表明氨苄失效，或污染上带有氨苄抗型的质粒，或产生氨苄抗型的菌落：
1 ) 转化完整质粒，计算菌落生长数，测定转化效率：
例如，将1μg/μL质粒1:100 稀释，1μL用于100μL感受态细胞转化。用SOC稀释到1000μL后，用100μL铺板。培养过夜，产生1000个菌落。
转化率为：
产生菌落的总数 / 铺板 DNA 的总量。
2)如用pGEM-T正对照，或PCR产物，产生>20～40蓝斑(用指定步骤108cfu/ug感受态细胞)，表明载体失去T，可能是连接酶污染了核酸酶。T4DNA连接酶(M1801，M1804，M1794)质量标准好无核酸酶污染，不应用其它来源的T4DNA连接酶替换。
3)用pGEM-T或pGEM-T Easy载体，连接pGEM-T正对照，转化高频率感受态细胞(108cfu/ug)，按照指定的实验步骤，可得100个菌落，其中60%应为白斑，如，产生>20-40蓝斑，没有菌落或少有菌落，连接有问题。
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