总的来说，有三个层次的校正是必须要做的。
参比信号校正。试剂中必须包含固定浓度的 ROX，这样由于反应总体积的差异、所在孔的位置不同、试管壁的厚度差异、管盖透光性能的差异等所引起的荧光信号波动都能够被扣除，使数据真正反映 PCR 进程。ROX 校正能够极大地改进定量的精确度，提高重复管之间的数据重现性。
内对照校正。实验中加入样品基本上都是以体积为单位的，但是同样体积的不同样品很可能来自不同数目的细胞，所以将实验结果校正到每个细胞的含量是必要的。方法是在定量目的基因（如
IL-2）的同时定量一个内对照基因（如 18S RNA 基因），然后 IL-2/18S。内对照校正使不同样品的实验数据可以相互比较。
计算相对于基准样品（Calibrator）的相对基因含量。比如研究处理和未处理的、0 小时和 6 小时的、正常和患病的之间的基因表达的差别，则需要计算处理/未处理、6 小时/0 小时、患病/正常。
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