芯片点样仪软件系统的总体设计采用结构化设计方法，是从整个程序的结构出发，突出程序模块的一种设计方法。其基本思想是将芯片点样仪系统设计成由相对独立、单一功能的模块组成的结构。由于模块之间是相对独立的，所以每个模块可以独立地被理解、编码、测试、排错或修改，因而使复杂的工作得以简化。此外，模块的相对独立性也能有效地防止错误在模块之间扩散蔓延，从而提高系统的可靠性。同时还为扩充已有的系统带来许多方便。
芯片点样仪软件的编制通过VB实现，充分利用了面向对象的编程技术，将软件的功能模块化。软件包括主窗体模块、参数设置模块、位置校准模块、点样模块等。由于芯片点样仪的最终用户是医学和生物科学的工作者，所以控制软件应界面友好，操作简洁，避免误操作的发生。芯片点样仪人机界面的设计主要由以下几个措施来保证操作的正确：
①减少激活的命令按钮：屏蔽掉那些暂时不需要使用的命令按钮，只有完成当前的操作才会使其激活，这样可以避免因为芯片点样仪操作顺序不当引起的误操作。
②输人提示功能的设计：预防误操作的有力手段就是“提示功能”。人机界面在任何时刻都应提供提示功能，告诉操作者现在机器人正在做什么，操作者应该做什么或可以做什么。
③参数输入的容错设计：由于全局环境参数是由人机接口传送给机器人控制系统的，正确的参数是机器人安全工作的重要保证。为了保证芯片点样仪系统有一个基本正常的运行环境，所有参数均应在程序中保留三个值：最大值、最小值和默认值。在系统上电初始化过程中，所有参数均按典型值进行赋值。在输入过程中，对键入的值进行过滤处理，若操作者误键入超出范围的值，系统给出提示并将该处的数值变为默认值。
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