8.PGM
企业: Ion Torrent
推出时间: 2010年
主流型号: Ion Personal Genome Machine™（2010年）
样品要求: 5 μg DNA，起始DNA体积不超过130μL
测序原理: 半导体芯片测序
该测序仪使用了一种高密度半导体小孔芯片。该芯片置于一个离子敏感层和离子感受器之上，每当有核苷酸分子被掺入时就会释放出质子，而离子感受器就会感受到这种信号，知道是哪一个核苷酸被掺入，从而读出DNA序列。
文库制备: Fragment(185–210 bp)
模板制备: PCR扩增
读长:
314芯片，100 bp；
316芯片，100bp；
318芯片，200 bp。
测序通量:
314芯片，10 Mb/run；
316芯片，100 Mb/run；
318芯片，1Gb/run。
时间/run: 2 hours
碱基精确度: 一致性超过99.99%，>99.5% raw accuracy.
变异检测能力(DNA重测序方面): SNP, Indel
成本: 仪器$50,000 /台，测序$500/run
数据格式: 标准的SFF或者FASTAQ格式
分析软件: 一系列商业软件进行变异检测，denovo组装
优点: 无以伦比的快速，2个小时完成测序工作；Ion Torrent的化学测序原理自然简单，无修饰的核苷酸、无激光器或光学检测设备，因而可达到极小的测序偏差和出色的测序覆盖均衡度。
缺点: 测序通量目前还不够大，增加半导体芯片的容量将有望提高测序仪的处理能力。
经典案例: 1德国大肠杆菌疫情爆发之后，华大基因利用第三代测序仪——Ion Torrent进行了该大肠杆菌的全基因组测序。在获得病毒样本后三天的时间内，华大基因完成了对该新型大肠杆菌的基因组测序。经过初步信息分析，发现该菌株是一种新的兼具侵袭、产毒、肠出血等特征的大肠杆菌。
备注: 特别适合微生物基因组测序及扩增子重测序
9.MiSeq
企业: Illumina
推出时间: 2011年
主流型号: MiSeq Personal Sequencing System（2011年）
样品要求: 使用Nextera，50 ng DNA；使用TruSeq，100 ng–1 μg DNA
测序原理: 边合成边测序
这种测序技术通过将基因组DNA的随机片断附着到光学透明的表面，这些DNA片断通过延长和桥梁扩增，形成了具有数以亿计cluster的Flowcell，每个cluster具有约1000拷贝的相同DNA模板，然后用4种末端被封闭的不同荧光标记的碱基进行边合成边测序。这种新方法确保了高精确度和真实的一个碱基接一个碱基的测序，排除了序列方面的特殊错误，能够测序同聚物和重复序列。
文库制备: Fragment
模板制备: 桥式扩增
读长:
1*35 bp
2*100 bp
2*150 bp
测序通量:
1*35 bp >120 Mb/run
2*100 bp >680 Mb/run
2*150 bp >1 Gb/run
时间/run:
扩增测序总时间：
1*35 bp 4 hours
2*100 bp 19 hours
2*150 bp 27 hours
碱基精确度:
>90% bases higher than Q30 at 1*35 bp
>80% bases higher than Q30 at 2*100 bp
>75% bases higher than Q30 at 2*150 bp
变异检测能力(DNA重测序方面):
成本: N/A
数据格式: 仪器$125,000/台，测序$750/run
分析软件: *.bcl, FASTQ, BAM, *.vcf和*.csv.
优点: 样品制备简单快速，在一台仪器上完成测序和数据处理；可靠的化学方法，可逆中止碱基边测序边合成法
缺点: N/A
经典案例: N/A
备注: 特别适合扩增子测序、克隆检查和小基因组测序
来源：生物文摘
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