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一般情况下,考染能看得见的点都有机会鉴定出来。分子量在 2 - 5 万之间的蛋白质,鉴定成功率一般比较大。分子量小的蛋白酶切位点少,合适的肽段( 1000 ~ 3000 Da )就少,所以鉴定的成功率相对较低。而分子量太大的蛋白质,在同等质量的情况下,蛋白的摩尔数 (pmol) 较少;而且查库时匹配肽段的覆盖率会比较低(因为整个蛋白质较大),从而影响鉴定的成功率。