一、自噬简介
1、大自噬(macroautophagy),也就是通常说的自噬(autophagy),是真核细胞蛋白降解的途径之一。自噬可以被描述为细胞质内的成分(细胞器、蛋白等)被双层膜的囊泡包裹,形成自噬体(autophagosome),进而传递到溶酶体进行降解的过程。
详细来说,自噬过程与内涵体途径(endolysosomal pathway)密不可分(见图1)。一方面,自噬体能够与晚期内体(late endosome)融合形成中间囊泡(amphisome)最终形成自噬溶酶体(autolysosome);另一方面,自噬体能够直接与溶酶体(lysosome)融合形成自噬溶酶体。无论通过哪条途径,自噬溶酶体最终通过酸性水解酶将细胞器、蛋白等消化分解。
细胞本底水平的自噬发生在营养充足的条件下,可保护细胞免受错误折叠蛋白或受损细胞器的影响,从而防止某些疾病的发生(如神经退行性疾病和癌症)。饥饿等也可诱导自噬的发生,通过降解大分子物质和细胞器为细胞活动提供营养和能量。
图1 自噬过程及其与内涵体途径的关系
(Tom Egil Hansen and Terje Johansen,BMC Biology,2011)
2、自噬的调控
雷帕霉素靶蛋白(mTOR)激酶在自噬反应中起着重要的调节作用。mTOR(Akt and MAPK signaling)在被mTOR激酶激活后,自噬反应被抑制;而在mTOR(AMPK and p53 signaling)未被抑制后,自噬反应机制被启动。作为酵母中Atg1的同系物,三个相关的丝氨酸/苏氨酸激酶 UNC-51样酶-1,-2,-3(ULK1, ULK2, UKL3),通过与mTOR复合物之间的相互作用来实现自噬反应。ULK1、ULK2、mAtg13和骨架蛋白FIP200(酵母Atg17的同系物)一起形成一个复杂的复合物。Class III PI3K复合物由hVps34, Beclin-1 (酵母 Atg6的同系物), p150 (酵母Vps15同系物), 和类Atg14蛋白 (Atg14L or Barkor) 或者紫外线放射抗性相关蛋白UVRAG (ultraviolet irradiation resistance-associated gene )蛋白组成,其在诱导自噬反应中起关键作用。Atg基因通过形成Atg12-Atg5 and LC3-II (Atg8-II)复合物来调控自噬体的形成。在Atg7和Atg710(分别对应泛素活化酶E1和泛素结合酶E2酶)的作用下,Atg12和Atg5之间通过一个类泛素反应结合形成Atg12-Atg5,Atg12-Atg5再通过非共价键与Atg16结合形成多聚体Atg12-Atg5-Atg16,参与自噬体的扩张。在Atg4、 Atg7和Atg3的作用下,LC3转变为LC3-II-PE并紧密结合于自噬泡膜表面,参与前自噬体的延伸。
自噬既能抑制也能促进细胞凋亡,两种反应在生物体内广泛存在。在营养缺乏时,自噬反应作为一个细胞的促活反应机制存在,但是过量的自噬反应也会导致细胞死亡,但由自噬导致的细胞死亡与细胞凋亡在形态学上有明显的不同。几种促凋亡信号因子,如TNF, TRAIL, and FADD也会诱导自噬的反应发生。此外,Bcl-2也是自噬反应重要的调节因子,其为凋亡抑制蛋白,通过与Beclin-1结合形成复合物,来抑制由Beclin-1诱导的细胞自噬。
线粒体自噬属于选择性自噬,其主要作用是降解细胞中损伤以及不需要的线粒体。当线粒体损伤之后,在正常的线粒体中持续被降解的PINK蛋白(PARL促进此反应)会处于稳定状态,再通过E3连接酶Parkin的作用来诱导线粒体自噬。Parkin会诱导线粒体膜蛋白的聚泛素化,由此导致与LC3结合的自噬受体蛋白的SQSTM1/p62, NBR1, and Ambra1聚集。此外,在特定的细胞类型中,同样存在LC3结合区域(LIR)的BNIP3 和 BNIP3L/NIX直接通过泛素依赖型反应机制也会聚集自噬反应的相关因子,进而促进自噬体的形成。
3、LC3
LC3(light chain 3)简称于MAP1LC3 (microtubule-associated proteins light chain 3),是目前公认的自噬标记物。哺乳动物中的LC3与酵母中的自噬相关蛋白Apg8/Aut7/Atg8具有同源性。
LC3蛋白合成后在其羧基端被Atg4剪切,暴露甘氨酸残基,产生细胞浆定位的LC3-I。在自噬过程中,LC3-I会被包括Atg7和Atg3在内的泛素样体系修饰和加工,与磷脂酰乙醇胺(PE)共价结合,形成LC3-II并定位于自噬体膜上(见图3)。哺乳动物中的LC3可分为三种: LC3A、LC3B和LC3C。 其中,LC3B作为LC3的一种,同样可以用作自噬的分子标志。
图3 LC3在自噬体形成中的作用
(Varuna C. Banduseela et al,Phyciological Genomics,2012)
4、自噬流检测方法
细胞经自噬诱导或抑制后,需对自噬流的水平进行观察和检测,常用的技术手段见表1:
表1 自噬体计数及自噬流检测方法汇总
(Mizushima et al, Cell, 2010)
其中,电镜观察法由于受到实验条件和设备的限制应用范围有限;而由于自噬过程发生快速,通过IB/WB检测LC3-II水平和GFP-LC3的方法易受到实验进行时长的影响。
想要准确检测自噬流的变化,需要多种技术手段共同使用,才能达到理想的实验效果,产生具有说服性的实验结果。
自噬双标产品 :mCherry-GFP-LC3B腺病毒(Adenovirus)、慢病毒(Lentivirus)和腺相关病毒(AAV)
mCherry-GFP-LC3B自噬双标系统的工作原理为: 未发生自噬的细胞及含有自噬体的细胞中,由于mCherry与GFP共同表达,细胞呈现黄色荧光。当自噬体与溶酶体融合形成自噬溶酶体后,酸性的溶酶体环境使酸敏感的GFP荧光淬灭,而mCherry不受影响,进而使自噬溶酶体呈现红色荧光。因此,红色荧光可指示自噬溶酶体形成的顺利程度。红色荧光越多,绿色荧光越少,则从自噬体到自噬溶酶体阶段流通得越顺畅。反之,自噬体和溶酶体融合被抑制,自噬溶酶体进程受阻(见图4和附图)。
Vigene现推出mCherry-GFP-LC3B腺病毒、慢病毒和腺相关病毒,满足您实验的不同需要。
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自噬相关基因的病毒产品
自噬通路相关基因
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