总大肠菌群的常用测定方法有多管发酵法和滤膜法两种。
多管发酵法是根据大肠菌群细菌能发酵乳糖、革兰氏染色阴性、无芽孢、呈杆状等有关特性，通过三个步骤进行检验，来确定水样中的总大肠菌群数。多管发酵法以最可能数Most Probable Number来表示实验结果，又简称MPN，实际上是根据统计学理论估计水体中大肠杆菌密度和卫生质量的一种方法，这种估计有大于实际数字的倾向。对于大肠菌群数含量的估计值，决定于那些既显示阳性又显示阴性的稀释度，在实际设计水样检验所要求重复的数目时，要根据所要求数据的准确度而定。
滤膜法是用特制的灭菌微孔薄膜过滤水样，细菌被截留在膜上后，将薄膜贴在品红亚硫酸钠培养基上进行培养。因为大肠菌群细菌可发酵乳糖，在滤膜上培养培养后会出现紫红色具有金属光泽的菌落，计数滤膜上出现的具有此特征的菌落数，即可计算出每L水样中含有的大肠菌群数。滤膜法可测定的水样体积较大，能比多管发酵法更快地获得结果，但测定浊度高、非大肠杆菌类细菌密度大时，效果较差。
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