鞭毛是由细胞质伸出的蛋白性丝状物，其长度通常超过菌体数倍。弧菌、螺菌及部分杆菌具有鞭毛。鞭毛纤细，长3～20μm，直径仅10～20nm，不能直接在光学显微镜下观察到。经特殊的鞭毛染色使鞭毛增粗并着色后，才能在光学显微镜下看到，也可直接用电子显微镜观察到。
按鞭毛数目和排列方式，可分为：
（1）周鞭毛，菌体周身随意分布的许多鞭毛。
（2）单鞭毛，位于菌体一侧顶端仅1根鞭毛。
（3）双鞭毛，位于菌体两端各1根鞭毛。
（4）丛鞭毛，位于菌体极端有数根成丛的鞭毛。
其功能是：
（1）鉴定价值，鞭毛是细菌的运动器官，细菌能否运动可用于鉴定。
（2）致病作用：鞭毛运动能增强细菌对宿主的侵害，因运动往往有化学趋向性，可避开有害环境或向高浓度环境的方向移动。
（3）抗原性：鞭毛具有特殊H抗原，可用于血清学检查。
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