古菌鞭毛（archaellum）
古菌鞭毛，表面看起来类似细菌（或 Eubacterial）鞭毛。
1990年代曾发现了许多古菌和细菌鞭毛详细的分歧，其中包括：
细菌鞭毛是由一个流动的 H + 离子，古鞭毛几乎肯定由腺苷三磷酸[ATP]。
细菌细胞中往往有许多鞭毛的细丝，古鞭毛由许多长丝组成一捆。
细菌鞭毛
不同种类的细菌有不同的数目的鞭毛。Monotrichous细菌有一个单一的鞭毛（如霍乱弧菌 ）。 Lophotrichous细菌有多种鞭毛设在细菌同样的表面上，而协调一致地行动，将细菌进往单一的方向前进。
一些细菌，如selenomonas ，鞭毛是有组织外胞体。
真核生物鞭毛（ cilia）
真核鞭毛是完全不同于其它从原核生物鞭毛在结构和进化起源。
鞭毛可分为端生和周生
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