由主要组织相容性复合体（MHC）编码的人类白细胞抗原（HLA），是不同个体间进行器官或组织移植时发生排斥反应的主要成分，这种代表个体特异性的同种抗原又称组织相容性抗原或移植抗原。
此外，与移植排斥反应相关的抗原还有：
①其他血细胞抗原，如红细胞血型抗原ABO和白细胞的特有抗原等;
②组织特异性抗原：特异地表达于构成某一组织器官的细胞表面抗原;
③次要组织相容性抗原，男性特有的Y染色体编码的某些蛋白质。
一、主要组织相容性抗原
在同种异体移植时，HLA引起移植排斥反应最强烈。 在三类HLA分子中，主要由Ⅰ、Ⅱ类分子触发移植排斥反应，HLA－DR反应最强。HLA－C与移植排斥反应无明显关系。 移植中，来自供体的强表达HLA的APC和其他免疫细胞，即作为同种异体抗原介导宿主抗移植物反应(HVGR);也作为过客细胞的重要膜分子参与移植物抗宿主反应(GVHR)。
在移植过程中，受体的免疫细胞对移植物表面HLA的识别存在着直接和间接两种方式。
直接识别： 受体T细胞对移植物表面完整的同种异型HLA分子的识别，无须对其加工、处理和提呈。活化以CD8+CTL为主的T细胞，参与强烈的急性排斥反应。
间接识别： 受体T细胞对APC所加工、处理的移植物HLA抗原肽的识别。识别则以CD4+Th为主，在慢性排斥反应中发挥重要作用。
二、其他组织相容性抗原
1.次要组织相容性抗原mHA在某些组织或器官移植时发挥重要作用，特别是骨髓移植。此外，在不同性别的个体间进行移植时，由Y染色体上的座位所编码的蛋白，可能是触发轻度移植排斥反应的mHA，这种与性别相关的mHA又称H-Y抗原，为男性所特有，可被HLA-B7分子结合。
2.ABO血型抗原系统几乎所有人体组织器官的血管内皮细胞表面均含有ABO血型抗原。在进行器官移植时，应尽量保证供、受体间ABO血型的一致。
3.组织特异性抗原是一类特异性地表达于各种器官、组织、细胞上的抗原系统。不同的组织器官可有不同的组织特异性抗原。如血管内皮细胞(VEC)特异性抗原、肾特异性抗原、肝脏特异性抗原、胰腺特异性抗原、心脏特异性抗原和皮肤特异性抗原等。
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