微小膜壳绦虫为小型绦虫，成虫体长5～80mm（平均20mm），宽0.5～1mm.头节呈球形，直径0.13～0.4mm，具有4个吸盘和1个短而圆、可自由伸缩的顶突。医学|教育网顶突上有20～30个小钩，排成一圈。颈部较长而纤细。链体由100～200个节片组成，最多时可达近千个节片。所有节片均宽大于长并由前向后逐渐增大，孕节达0.15～0.30mm×0.8～1.0mm，各节片生殖孔都位于虫体同侧。成节有3个较大的圆球形睾丸，横列在节片中部，贮精囊较发达。卵巢呈分叶状，位于节片中央。卵黄腺椭圆形，在卵巢后方的腹面。子宫呈袋状，其中充满虫卵并占据整个节片。
虫卵圆球形或近圆球形，大小为48～60μm×36～48μm，无色透明。卵壳很薄，其内有较厚的胚膜，胚膜两端略凸起并由该处各发出4～8根丝状物，弯曲地延伸在卵壳和胚膜之间，胚膜内含有一个六钩蚴。
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