1.协助诊断某些寄生虫病
对可疑有寄生虫感染而又需确诊时，十二指肠引流液检查常可获得理想的结果。如肝吸虫病、阿米巴肝脓肿和胆管蛔虫的诊断等。
2.诊断胆石
国内最常见的为胆固醇结石、胆红素结石或胆红素钙结石。对胆囊造影不显影或B超检查不能确诊的结石，十二指肠引流液检查是唯一的选择，并且可进一步做胆石化学成分分析，以确定胆石的性质。
3.诊断伤寒带菌者
B胆汁中培养出伤寒杆菌即可诊断为伤寒带菌者。
4.诊断胰腺疾病
采用促胰酶素-促胰液素试验，观察胰液量、碳酸氢盐和淀粉酶的变化。对诊断慢性胰腺炎、胰腺癌有一定价值。
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