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初次培养一般都使用选择培养基和非选择培养基。
1)非选择培养基:本培养基使分离的厌氧菌不被抑制,几乎能培养出所有的厌氧菌。常使用心脑浸液琼脂(BHI)、布氏琼脂(BR)、胰豆胨肝粉琼脂(GAM)、胰胨酵母琼脂(EG)、CDC厌氧血琼脂等。
2)选择培养基:为有目的选择常见厌氧菌株,以便尽快确定厌氧的种类。