以痰标本为代表的呼吸道标本，由于咳出时必须经过口咽部，标本必然混杂口咽部的正常菌群，因此对临床诊疗价值有限。而机体某些无菌部位，一旦检出细菌或真菌，结合临床症状，即可确定为致病菌，这一点与痰和下呼吸道标本有所不同，故此类标本临床检验及诊断价值极大，但通常较难获取，故极为珍贵，包括脑脊液、血液、心包积液、胸腹水和关节液等。采集时应注意以下几点：
1、脑脊液：实验室检测脑脊液中感染性病原体的灵敏度取决于脑脊液的采集量，采集3-5ml为宜，采集后须立即送达实验室。用于培养的脑脊液须在室温下离心（3000g，15分钟）浓缩，离心后上清液用于血清学试验，沉淀用于镜检和培养，镜检发现阳性结果须立即向医生报告；
2、血液：对所有怀疑深部真菌的病例均应进行血培养，但此法检出率不高，对高度怀疑者，可采集动脉血培养或使用解离离心系统。
3、骨髓：有助于诊断一系列深部真菌感染，包括组织胞浆菌病和隐球菌病，采集3-5ml放的无菌容器中并立即送检。
4、其他体液：包括胸水、腹水和关节液等均应收集至无菌容器中，并快速送达实验室，离心沉淀用于镜检和培养。
5、尿液：非插管病人的新鲜中段尿最宜，最好在医护人员监督指导下留取，应在2小时内送达 ，对于疑似真菌感染的患者，尿液标本应离心，沉淀部分用于培养。
6、浅部真菌标本种类较多 ，包括皮肤、甲和毛发，采集此类标本前用75%酒精清洁，皮肤标本取材时用钝刀从损害边缘向外刮取，如果是鳞屑，可用透明胶带粘附；甲标本应从变色、萎缩的部位采取，尽可能接近甲近端取材；对于毛发，可用镊子将毛发从头皮拔除；对于口腔粘膜和耳道，可用刮片和拭子取材，虽然刮片效果好，但后者更常用，因为拭子更便于标本的运送。
总之，正确的标本采集、运送、保存和处理对于临床微生物室的工作质量至关重要，必须给予高度重视，本病例中对患者痰性状和涂片的描述实际上就是对标本质量的评价。
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