按操作程序的不同分类：
原位杂交技术的操作程序，它可分为包埋前电镜原位杂交，包埋后电镜原位杂交和不包埋电镜原位杂交3种。它们也各有优缺点：
原位杂交技术能最大程度地保存细胞和细胞中的核酸含量，杂交信号也比较强，但冷冻过程会在一定程度上损害细胞的超微结构；包埋前电镜原位杂交技术操作比较容易掌握，杂交反应不受电镜包埋过程的影响，细胞的超微结构也比较清晰。缺点是反应产物大小难以控制，大量反应产物有时会掩盖准确的超微结构定位；包埋后原位杂交技术在原位杂交前的电镜生物样品处理过程中，核酸降解量较多，因此只适合于核酸含量较多的细胞和组织。
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