1.光源

　　尼康显微镜采用可见光作为光源，电子显微镜采用电子束作为光源。

　　2.分辨率

　　尼康显微镜因为光的干涉与衍射作用，分辨率只能局限于0.2-0.5um之间。电子显微镜因为采用电子束作为光源，其分辨率可达到1-3nm之间，因此尼康显微镜的组织观察属于微米级分析，电子显微镜的组织观测属于纳米级分析。

　　3.景深

　　一般尼康显微镜的景深在2-3um之间，因此对样品的表面光滑程度具有极高的要求，所以制样过程相对比较复杂。扫描电镜的景深则可高达几个毫米，因此对样品表面的光滑程度几何没有任何要求，样品制备比较简单，有些样品几乎无需制样。体式显微镜虽然也具有比较大的景深，但其分辨率却非常的低。

　　4.成像

　　尼康显微镜利用几何光学成像原理进行成像，电子显微镜利用高能量电子束轰击样品表面，激发出样品表面的各种物理信号，再利用不同的信号探测器接受物理信号转换成图像信息。

　　5.应用

　　尼康显微镜主要用于光滑表面的微米级组织观察与测量，因为采用可见光作为光源因此不仅能观察样品表层组织而且在表层以下的一定范围内的组织同样也可被观察到，并且尼康显微镜对于色彩的识别非常敏感和准确。

　　电子显微镜主要用于纳米级的样品表面形貌观测，因为扫描电镜是依靠物理信号的强度来区分组织信息的，因此扫描电镜的图像都是黑白的，对于彩色图像的识别扫描电镜显得无能为力。扫描电镜不仅可以观察样品表面的组织形貌，通过不同的附件设备，扫描电镜还可进一步扩展使用功能。