确定病毒载量的分子技术的发展和基因型耐药性的发展，使HIV病治疗发生了根本的改变。商业上可获得的病毒载量检测技术有许多，从逆转录PCR到分支链DNA扩增等不同方法。这些检测的局限性在于没有一个国际标准来比较不同方法测定的病毒载量，以及由于HIV的不同分化枝的差异性引起某些患者样本检出低下或未被检出。
新的实时PCR检测的改进包括以LightCycler和TaqMan技术为基础的检测。用于检测突变的基于测序的基因型检测方法已经增进了病人治疗方案的改善，这些突变与靶向于HIV pol基因的17种得到许可药物的耐药性的发展相关。然而，当指向于这些标靶的化合物从临床试验发展为获得许可的药物时，下一代检测方法必须拓展为对包括基因组gp41融合区域和整合酶区域的检测。基因型检测也必须改进对少数种属的检测和对病毒载量低的患者的序列测定。在今后5年内，基于实时测序的诊断将持续作为一个现实目标。
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