抗原是指能刺激机体产生特异性免疫应答，并与免疫应答产物抗体和致敏淋巴细胞结合，发生免疫效应的物质。抗原具有免疫原性和和抗原性两个特性。抗原可来自外界及自身，机体免疫细胞识别的抗原通常是蛋白质，也可识别多糖和核酸等。
蛋白抗原是一种能刺激免疫系统产生抗体的蛋白质，在免疫系统识别出它后就会做出反应。抗原是由多种化合物组成，而蛋白质抗原很常见。研究人员已经识别出多种蛋白质抗原，并且广泛应用于研究，诊断和医学治疗领域。
外源性蛋白抗原是人体外由另一种有机物产生的蛋白质。典型的实例是摄入病毒生产的蛋白质。在免疫系统看到这种蛋白质后，就会将其视为外来入侵者，并刺激生产抗体攻击这种抗原。这也是人体预防疾病的自然机制。
内生性蛋白抗原是在人体内产生，它们常见于细胞死亡。人体细胞自己能产生这些抗原并告知免疫系统分解细胞并循环利用它的成分。这种类型的蛋白抗原也可以被免疫系统用于摧毁感染细胞。
另一种蛋白抗原是自身抗原。自身抗原是一种可以在人体发现的物质，并且正常情况下被人体视为无害。自身抗原涉及自身免疫疾病，身体会因为自身免疫系统出错而攻击自己。在这种情况下，人体部分的蛋白质会被免疫系统判断为有害，并试图清除它们，这就有可能损伤身体。
种痘是为了控制抗原(通常是蛋白抗原)生产，确保身体形成抗体避免疾病风险。抗原可以用于实验，如果医生怀疑病人体内存在特定病毒，可以通过化验分析血样看出抗原绑定的是什么。因此，分析抗原对诊断疾病很有作用。
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