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最先看分子离子峰。怎么判断分子离子峰？一般是最大的明显可见碎片。如果有已经结构就好办，如果没有，一般判断出分子离子峰之后，要进行确认。确认的办法是看最大的碎片和第二大的碎片的差值是否合理。多数减15，也有减18或43，这样看具体情况。如果有这样的碎片就认为是分子离子峰的可能性很大。然后再看基峰。基峰是质谱图二维结构中的纵向看法。从基峰来判断物质最为稳定的碎片是不是和你想象的相同，以此为基础增减碎片来判断其它的可能结构。
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