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低压制备色谱通常有两种模式，一种是在柱上方加压，另一种是在柱下方减压。除了加减压外，其他的与经典柱色谱法基本一致。减压一般是用真空泵来完成，加压一般用空气泵氮气钢瓶蠕动泵等完成。在低压制备色谱中使用的是颗粒较大的填料，因此其分辨率是有限的。
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