（1）PCR 反应前污染
主要是样品 DNA 的交叉污染。提取 DNA 使用的仪器上残留的杂质 DNA 或反应管中残留的 PCR 产物、PCR 操作者皮肤或头发等均可引起样品污染。其中 PCR 产物的污染，也称残留污染（carryover），是引起样品交叉污染的主要因素。明胶、Taq DNA 聚合酶等 PCR 反应试剂等均有可能带有杂质 DNA，因此也可导致 PCR反应前污染。
（2）PCR 反应后污染
PCR 反应后污染主要来自于 PCR 产物检测过程，如电泳上样、点杂交点样时加样器吸头之间的污染等。
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