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常规的 PCR 产物纯化的基本过程如下:首先使用琼脂糖凝胶电泳分离除去反应体系中靶序列的非特异性扩增片段,然后使用蛋白酶 K 灭活耐热的 DNA 聚合酶,此后使用常规的苯酚/氯仿抽提法除去剩余的 dNTP,离心、乙醇洗脱后干燥,最后使用高效液相色谱或者凝胶电泳分离反应体系中剩余的引物和引物二聚体。通过琼脂糖凝胶电泳-溴化乙啶染色可以鉴定所提纯的 PCR 反应产物的纯度。