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核酸检测包括核酸杂交和聚合酶链反应（PCR），核酸杂交检测衣原体的特异性强，但敏感性不高，主要用于PCR结果的检测、判定，尚未直接用于临床标本的检测；PCR具有较高的敏感性，应用肺炎衣原体MOMP基因片段的2对特异性引物对临床咽拭子进行PCR测定，其结果与血清学检测具有较好的一致性。但PCR试验对实验室有特殊要求，标本处理、扩增和检测应在不同房间内进行，以免假阳性。
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