人类肺炎衣原体感染呈世界性流行，不分地域、不受种族和年龄限制。人类肺炎衣原体感染一年四季均可能发生，不呈季节性特征，其流行可呈散发性或爆发性传播，尤其在空间相对封闭、人群聚集较多、空气不太流通的公共场所。 [2]
一般认为肺炎衣原体感染与鸟类及其他动物无关，人类是Cpn唯一储存宿主。其传播源是患病者或无症状携带者的呼吸道分泌物和飞沫。另外肺炎衣原体在硬塑料表面能存活30h，在纸巾上能存活12h，在手上存活时间仅10～15min。健康者也可能通过接触这些带有病原体的物体而被感染。
虽然在人肺部感染Cpn的潜伏期约为10d，65d内即可诱导产生特异性T细胞免疫和B细胞免疫，从患者血清中可检测到特异性抗体。这些感染性抗体可暂时地提供一定的机体免疫保护作用。但其免疫力不强，且维持时间短，多数情况下不能阻断再度感染而呈反复发作的状态。
健康人群可分离出Cpn，提示存在健康的带菌者或隐性感染者。然而正是这些无症状的“健康”或“亚健康”的携带者在传播Cpn上具有重要意义。
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