本实验中必须保持RNase污染以免RNA降解。所有试剂用DEPC水配制，用具也用DEPC水冲洗，并灭菌。
①电泳RNA所用器械如制胶的模具、梳子、电泳槽等用肥皂粉洗干净后用双蒸水冲洗二遍后在室温晾干备用。
②用新的1XTBE配制1.2%琼脂糖凝胶，倒胶时溴化乙锭（EB）直接加入凝胶中。
③制备好的琼脂糖凝胶板放入电泳槽后再加入经高压灭菌过的1XTBE，液面只能刚好同胶面平齐，缓冲液不要淹过胶面。
④点样时，样品RNA每10μl加入2μl上样缓冲液，上样缓冲液是用DEPC处理的水配制的50%甘油，另外单独点一样品孔含有3μl溴酚蓝的上样缓冲液作为电泳指示剂，电泳电压4V/cm，电泳时间2h左右便可取出凝胶在紫外灯下观看所提取的RNA的质量或进行拍照记录。
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