一、接口的选择
ESI适合于中等极性到强极性的化合物分子，特别是那些在溶液中能预先形成离子的化合物和可以获得多个质子的大分子﹙如蛋白质﹚APCI不适合可带多个电荷的大分子，其优势在于弱极性或中等极性的小分子的分析。
二、正、负离子模式的选择
选择的般原则为:正离子模式适合于碱性样品，可用乙酸或甲酸对样品加以酸化。样品中含有仲氮或叔氮时可优先考虑使用正离子模式。负离子模式适合于酸性样品，可用氨水或:乙胺对样品进行碱化。样品中含有较多的强伏电性基团，如含佩，含溴和多个羟基时可尝试使用负离子模式。
三、流动相的选择
常用的流动相为甲醇,乙腈,水和它们不同比例的混合物以及一些易挥发盐的缓冲液,如甲酸铵,乙酸铵等,还可以加入易挥发酸碱如甲酸,乙酸和氨水等调节pH值。
LC/MS接口避免进入不挥发的缓冲液,避免含磷和氯的缓冲液,含钠和钾的成分必须送样前一定要摸好LC条件,能够基本分离,缓冲体系符合MS要求。
四、流量和色谱柱的选择
不加热ESI的最佳流速是150u1/min,应用4.6m内径LC柱时要求柱后分流,目前大多采用12.1mm内径的微柱,TIS源最高允许1ml/min,建议200-400u1/ min APCI的最佳流速-1ml/min.常规的直径4.6mm柱最合适。为了提分析效率,常采用<100mn的短柱﹙此时UV图上并不能获得完全分离,由于质谱定量分析时使用MRM的功能，所以不要求各组分没有完全分离﹚。这对于大批量定量分析可以节省大量的时间。
五、辅助气体流量和温度的选择
雾化对流出液形成喷雾有影响，干燥气影响喷雾去溶剂效果，碰撞气影响二级质谱的产生。
操作中温度的选择和优化主要是指接口的干燥气体而言，一般情况下选择干燥气温度高于分析物的沸点20左右即可。对热不稳定性化合物，要选用更低的温度以避免显著的分解。
选用干燥气温度和流量大小时还要考虑流动相的组成，有机溶剂比例高时可采用适当低的温度和流量小一点的。
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