细菌鉴定原理：采用传统的比色法和快速荧光法。根据不同类别细菌的理化性质不同，设计不同的测试卡， 每一张卡包括多项生化反应。仪器采用光电比色法测定细菌因分解底物导致PH值改变或由于细菌生长利用底物而引起的透光度变化；其荧光法是在测试卡的小孔中加入酶底物， 使其与细菌产生的酶结合生成荧光物质。仪器在较短的时间内能够分析细菌对不同生化底物所产生的发荧光的物质，通过读数器测定荧光强度来判定细菌胞外酶； 采用荧光技术鉴定细菌， 速度可以提高4 -8倍。两小时可提供鉴定报告。细菌鉴定实验底物有几种不同类型，各个不同品牌的仪器均使用自己的测试卡和相应的试剂；以酶为基础的反应底物，包括显色底物和荧光底物；以微生物生长为基础的底物是糖类底物和化合物底物，还有混合底物；通过与各种细菌发生氧化、降解及水解反应，产生颜色的变化或产生荧光物质，利用显色和荧光强度的变化。来鉴定细菌的菌型。仪器会自动选择底物进行分析。
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