1、固定相不同：正相硅胶具有极性基的表面，而反相硅胶是经过改性，表面键合烷基链（例如 C-18），极性更小，因此对极性化合物有较小的保留。
2、适用的样品类型不同：由于反相条件下，修饰了硅胶表面的羟基，使其极性降低，使得其适用性变得更加宽广（相对比反相而言），各类极性的大小分子，天然产物，都可以在反相体系中得到有效分离。
3、流动相不同：正相色谱，因为硅胶表面的硅羟基极性大，极性大的水溶性化合物很难被洗脱下来，只有使用更强极性的溶剂才能成功。在反相色谱中，因为极性化合物和固定相的吸附性较小，因此用较小极性的溶剂，就可以实现比较理想的洗脱效果。
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