非结核分枝杆菌是否有致病性可用抗煮沸试验加以区别。非致病株煮沸1min即失去抗酸性，而致病株能耐10min，甚至高压灭菌亦不失去抗酸性。结核分枝杆菌和非结核分枝杆菌的鉴别，除热触酶试检外，可将菌苔置含盐水小滴的玻片上研磨，前者不易乳化而后者容易乳化。
由于许多非结核分枝杆菌菌株对常用的异烟肼、链霉素等耐药，但对利福平有一定敏感性；现多主张用利福平、乙胺丁醇和异烟肼联合使用。溃疡分枝杆菌则仅对卡那霉素等氨基糖苷类抗结核菌药物敏感。但鸟-胞内分枝杆菌耐药性强；有报道分出的23株全部对上述药物耐药；而通过结构改造的新型红霉素，如克拉红霉素在体内外有很好的抗结核菌活性，可破坏细胞壁和细胞膜结构，对鸟-胞内分枝杆菌血培养清除率达62%?98%。
非结核分枝杆菌经治疗后也常出现L型，耐药性增高，有的经多年治疗不愈。且L型往往因细胞壁脂质缺失不易致敏淋巴细胞，结核菌素试验可呈阴性，诊治时应多加注意。
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