酶工程作为生物工程4个组成部分之一，已广泛应用于工业生产中的食品、医药、纺织等部门，但天然酶稳定性低，对高温、有机溶剂极其敏感，易失活，不能重复使用，反应后混入产品，使产品难以纯化。而通过物理或化学的方法，将酶固定于载体上，所得的酶不仅保留了酶原有的高活性、高选择性，并且克服了天然酶的缺点，还便于反应的连续化和自动化。因此，固定化酶已经成为近代酶工程领域中主要的研究内容之一。固定化酶较高的稳定性，使其在工业生产中有广阔的前景。
食品工业
罐装液态茶饮料自20世纪80年代开发成功以来已迅速发展成为当今国际饮料市场的主流产品之一。增香和除混是制约茶饮料发展的2个重要因素。将单宁酶和β-葡萄糖甘酶进行共固定化，并以绿茶、红茶、乌龙茶为例研究了共固定化酶的性质，结果表明：经共固定化酶处理后，绿茶、红茶、乌龙3类茶的香精油总量均有所增加；3类茶的非酯型儿茶素含量增加，而酯型儿茶素的含量下降。
燃料工业(生物柴油)
生物柴油主要是以植物油和动物油为原料而制成的，其主要优点是：生物可降解性、可再生资源、无毒、废气排放量小，是环境的友好燃料，可作为石油的替代品。目前生产生物柴油主要采用化学法。此方法工艺复杂、能耗高、产品易变质、生产过程有污染，因此，已经有学者研究利用生物酶法，即动植物油脂和低碳醇通过脂肪酶进行酯化反应，制备相应的脂肪酸酯。脂肪酶广泛地应用于生物柴油工业。等研究了利用多孔渗水物质为载体固定脂肪酶，使其可在低水环境中合成生物柴油。
医药工业
现代制药也大多采用化学方法，但化学法工艺复杂，原料浪费严重且易产生污染，因此人们渐渐转向生物酶法制药的研究，获得了很多可喜的成果。头孢菌素正渐渐代替青霉素成为临床应用上主要的抗生素。梅建凤等利用固定化青霉素酰化酶催化合成头孢羟氨苄，并选择了较好的合成工艺，使此反应的转化率可达到80.3%
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