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固定化酶的缺点：
①许多酶在固定化时，需利用有毒的化学试剂使酶与支持物结合，这些试剂若残留于食品中对人类健康有很大的影响；
②连续操作时，反应体系中常滋生一些微生物，后者利用食品的养分进行生长代谢，污染食品；
③固定化时，酶活力有损失；
④增加了生产的成本，工厂初始投资大；
⑤只能用于可溶性底物，而且较适用于小分子底物，对大分子底物不适宜；
⑥与完整菌体相比不适宜于多酶反应，特别是需要辅助因子的反应；
⑦胞内酶必须经过酶的分离手续。
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