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维生素B6与蛋白质代谢的关系密切。缺少维生素B6的动物，蛋白质转变为碳水化合物和脂肪将受到阻抑。 鼠缺乏维生素B6则生长停止，尾部、鼻、眼睑等可发生皮炎和端部疼痛症（acrodyna）。
人类虽不易发生维生素B6缺乏症，但若给于维生素颉颃物质，而鼻、口和眼的周围将会出现皮炎；缺乏维生素B6还会引起各种脏器的动脉硬化症；由于B6在中枢神经系统中起着重要的作用，所以儿童缺乏B6会引起痉挛，但给予B6便可很快恢复、B6对红血球的血红蛋白的合成也是必需的，所以缺少维生素B6会发生贫血。
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