构成RNA的碱基有四种，每三个碱基的开始两个决定一个氨基酸。从理论上分析碱基的组合有4的3次方=64种，64种碱基的组合即64种密码子。怎样决定20种氨基酸呢？仔细分析20种氨基酸的密码子表，就可以发现，同一种氨基酸可以由几个不同的密码子来决定，起始密码子为AUG（甲硫氨酸），另外还有UAA、UAG、UGA三个密码子不能决定任何氨基酸，是蛋白质合成的终止密码子。
1994年版曾邦哲著《结构论》中对密码子和氨基酸的组合数学计算公式为：C1/4+2C2/4+C3/4=20氨基酸，C1/4+6（C2/4+C3/4）=64密码子。（另有算法4*4*4=64，一个密码子里面三个碱基每个位置有4种可能）。
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