使用重组DNA技术，一些细胞因子已被开发成蛋白质治疗剂。截至2014年用作药物的重组细胞因子包括：
骨形态发生蛋白(BMP)，用于治疗骨相关疾病
促红细胞生成素(EPO)，用于治疗贫血
粒细胞集落刺激因子(G-CSF)，用于治疗癌症患者的中性粒细胞减少症
粒细胞巨噬细胞集落刺激因子(GM-CSF)，用于治疗癌症患者的中性粒细胞减少症和真菌感染
干扰素α，用于治疗丙型肝炎和多发性硬化症
干扰素β，用于治疗多发性硬化症
白细胞介素2(IL-2)，用于治疗癌症。
白细胞介素11(IL-11)，用于治疗癌症患者的血小板减少症。
干扰素γ用于治疗慢性肉芽肿病和骨硬化症
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