蛋白质复合物的形成有时起到激活或抑制一个或多个复合物成员的作用，因此，蛋白质复合物的形成可以类似于磷酸化。单个蛋白质可以参与各种不同蛋白质复合物的形成。不同的复合体执行不同的功能，并且相同的复合体可以执行取决于多种因素的非常不同的功能。其中一些因素是：
包含复合物时，复合物存在于哪个隔室中
复合物存在于细胞周期的哪个阶段
细胞的营养状况
许多蛋白质复合物是众所周知的，尤其是在模型生物酿酒酵母中。对于这种相对简单的生物，目前正在全基因组范围内进行蛋白质复合物的研究，目前正在阐明酵母中大多数蛋白质复合物。
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