肝素作为抗凝剂，防止血块形成和现有血块的扩展。虽然肝素本身不会分解已经形成的凝块（与组织型纤溶酶原激活剂不同），但它允许身体的天然凝块溶解机制正常工作以分解已形成的凝块。肝素通常用于以下情况的抗凝：
急性冠状动脉综合征，例如NSTEMI
心房颤动
深静脉血栓形成和肺栓塞
用于心脏手术的体外循环
用于体外生命支持的ECMO回路
血液滤过
留置中心或外周静脉导管
肝素及其低分子量衍生物（例如，依诺肝素、达肝素、亭扎肝素）可有效预防高危人群的深静脉血栓形成和肺栓塞，但没有证据表明任何一种比其他预防死亡。
在血管造影中，使用2至5单位/mL的普通肝素盐水冲洗以防止导丝、护套和导管中的血液凝结，从而防止血栓从这些装置中移入循环系统。
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