主要是指膜结合核糖体上合成的蛋白质， 通过信号肽，在翻译的同时进入内质网， 然后经过各种加工和修饰，使不同去向的蛋白质带上不同的标记， 最后经过高尔基体反面网络进行分选，包装到不同类型的小泡，并运送到目的地， 包括内质网、高尔基体、溶酶体、细胞质膜、细胞外和核膜等。 广义的蛋白质分选也包括在游离核糖体上合成的蛋白质的定位。
蛋白质分选（protein sorting）：依靠蛋白质自身信号序列，从蛋白质起始合成部位转运到其功能发挥部位的过程。蛋白质分选不仅保证了蛋白质的正确定位，也保证了蛋白质的生物学活性。
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