除透明质酸外，所有糖胺聚糖链的延伸都是在一个与核心蛋白共价连接的所谓连接区（寡糖链）上进行的。连接区合成的起始和糖肽间连键类型与糖蛋白中的相同，只是寡糖链形式有所不同。CS/DS链和HS/Hp链的连接区是一个四糖链：GlcUAβ(1→3)Galβ(1→3)Xylβ1-O-Ser，属O-寡糖链；聚糖的二糖单位（己糖醛酸→己糖胺）装配在它的非还原端GlcUA上。软骨可聚蛋白中的连接区是另一形式的O-寡糖链，即O-GalNAc糖链，这是一个分支的六糖链，Siaα2→3Galβ1→4GlcNAcβ1→6(Siaα2→3Galβ1→3)GalNAcα1-O-Ser/Thr。CS或KS就是取代其中一个分支末端的Sia残基与核心蛋白相连的。很多蛋白聚糖的连接区是N-寡糖链，例如存在于角膜中的小分子硫酸角质素蛋白聚糖（KSPG），其KS就是通过一个二天线复杂性N-寡糖链与核心蛋白连接的。
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