利用真菌发酵生产DHA的研究主要集中在破囊壶菌和裂殖壶菌，二者均来自海洋，是有色素和具光刺激生长特性的海生真菌。利用真菌发酵生产DHA可以克服从鱼油获取DHA的不足，能够人为控制影响因素，保持DHA产量和含量的稳定。真菌发酵生产DHA时，一般合成EPA及其他多不饱和脂肪酸较少，这有利于DHA的分离浓缩，制备高纯度DHA。
微生物发酵生产DHA的研究已经取得一定的进展，但还存在以下的问题：
（1）缺乏高产DHA的优质菌种，在发酵过程中菌体生长速率低，其脂质含量和DHA含量不高；
（2）DHA微生物发酵研究大多停留在实验室的摇瓶阶段，没有大规模实现工业化生产；
（3）从微生物发酵液中提取DHA的方法还有待于进一步改进，以适应于工业化的需要；
（4）尚需探索微生物可利用的廉价底物，以降低其生产成本。
因此，当前最迫切的任务是从自然界微生物资源中筛选高产DHA的优质菌种，加强对DHA的发酵条件，代谢调控和工艺的研究。
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