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色氨酸在农业害虫防治方面也有一定应用，例如L-色氨酸可以使南方毛虫拒食死亡。色氨酸还可以加入到水杨酸和环磷酸中作为稳定剂，能够增强其杀虫效果。色氨酸具有吲哚环，具有良好的荧光吸收性，是荧光性最强的氨基酸，因此可用于检测生物生态系统及自然环境中有毒金属离子。色氨酸对环境有高度敏感性，某些物质极微小的极性变化也可以使吸收光谱发生变化，因此，将色氨酸作为极性探针，可以检测环境中某些成分的极性变化。
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