绿脓杆菌天生对大部分抗生素有抗药性，而且能快速地产生抗药性突变。一般结合两种抗生素(氨基糖苷类抗生素，β-内酰胺类抗生素或喹诺酮类抗生素)采用进取的抗菌治疗。一般治疗须由实验室敏感性协助治疗，而非只凭经验选择抗生素的种类。若已经使用了抗生素，其繁殖情况必须尽力了解及经常检讨抗生素的效用。
能有效对抗绿脓杆菌的抗生素包括：
氨基糖苷类抗生素（庆大霉素、丁胺卡那霉素、妥布霉素）
喹诺酮（环丙沙星及可乐必妥，但不包括莫西沙星）
头孢菌素（头孢他啶、头孢吡肟、头孢匹罗，但不包括头孢呋辛、头孢三嗪、头孢噻肟酸）
哌拉西林、替卡西林（绿脓杆菌本质上能抵抗所有其他的青霉素）
碳青霉烯（多尼培南、美罗培南、亚安培南，但不包括厄他培南）
氨曲南
除了氟奎诺酮外，所有以上的抗生素必须是经注射使用。所以在某些医院严格禁止使用氟奎诺酮，避免绿脓杆菌发展出相应抗药性。
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