对于生殖道解脲支原体感染的治疗，必须权衡利弊，慎重进行，不可过于积极。
对解脲支原体感染者可用御外法治疗，关键是针对可能合并存在的其它病原体感染。有许多解脲支原体感染者，长期使用抗生素治疗，但解脲支原体检查依然阳性，而且还出现了许多新的不适。究其原因，极为复杂，解脲支原体耐药、检测错误或试剂不过关、二重感染（长期应用抗生素者容易出现真菌、其它不敏感细菌感染）、心理因素等均可能存在其中。
一般而言，对衣原体感染有效的药物对支原体感染也有效。对女性盆腔炎，应考虑其多因素性，治疗应包括针对淋球菌、沙眼衣原体、人型支原体及厌氧菌的抗生素，国外推荐头孢西丁+多西环素或克拉霉素+庆大霉素的联合治疗方案。对于可能由支原体感染引起的前列腺炎，宜采用米诺环素治疗，因为米诺环素能穿过前列腺包膜而在前列腺内达到杀灭支原体所需要的药物浓度。值得提出的是，前列腺炎病因复杂，抗生素治疗的效果并不一定好，需采用综合疗法，而且最好听从泌尿外科专家的意见进行治疗。
近来，解脲支原体对抗生素的耐药性问题已引起多方注意，滥用抗生素可能是导致解脲支原体耐药的重要因素。解脲支原体对四环素的耐药株占10%～20.6%，对多西环素的耐药株占8%～27.5%,对红霉素的耐药株占10%～52.4%。解脲支原体和人型支原体对氧氟沙星的耐药株占近20%。
此外，对罗红霉素及阿奇霉素耐药的解脲支原体也有报告。由于解脲支原体对抗生素的耐药性有日渐增加的趋势，临床用药时应予以注意。有专家主张在治疗解脲支原体感染时，为了减少或防止耐药株的出现，宜采用2～3种不同类型的抗生素联合治疗。
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