军团菌为需氧的多性革兰阴性菌，广泛存在于自然环境中，其传染源是水源和空调系统，通过空气传播。根据细胞壁组成、生化反应和DNA杂交研究，军团菌和过去已知的病原菌无关，故构成单独一个科。军团菌科仅有一个属，即军团菌属。我国已定型者有Lp1，Lp3，Lp5，Lp6，Lp9等。
引起疾病者主要是嗜肺军团菌（Lp）和麦氏军团菌；嗜肺军团菌有15个血清型，约90%属血清Ⅰ型。军团杆菌为革兰阴性杆菌，军团菌可产生多种酶和毒素，包括蛋白酶、磷酸酯酶、脱氧核糖核酸酶、β内酰胺酶以及细胞毒素，可能与毒力有关。军团菌的生长可得到一些自由生活原虫的支持，或在其体内寄生，如阿米巴。原虫和军团菌相互作用，且原虫可改变军团菌的毒力。
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